Странные события происходят в Нью-Йорке: некий ученый Марк Уинтерс собирает армию древних монстров с единственной целью — поработить мир. Черепашки необходимы больше, чем когда-либо, но Рафаэль, Донателло и Микеланджело исчезли. Поэтому Леонардо должен восстановить единство команды, чтобы затем спасти город!